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科研進(jìn)展

智能所團(tuán)隊(duì)利用低頻拉曼光譜識別卟啉亞納米級非平面形變

來源:  | 時(shí)間:2025-01-21|  作者:王申浩

  近日,中國科學(xué)院合肥物質(zhì)科學(xué)研究院智能所黃青研究員團(tuán)隊(duì)在利用低頻拉曼光譜識別卟啉亞納米級空間微小結(jié)構(gòu)的變化方面取得研究進(jìn)展,相關(guān)成果已發(fā)表于國際光譜學(xué)領(lǐng)域權(quán)威性期刊Spectrochimica Acta Part A: Molecular and Biomolecular Spectroscopy。

  金屬卟啉大環(huán)的非平面(out-of-plane, OOP)形變與許多含卟啉分子的蛋白酶的生物學(xué)功能存在著緊密的聯(lián)系。但是這些形變很小(亞納米量級),而且不同分子之間差別細(xì)微,很難用傳統(tǒng)的結(jié)構(gòu)測量工具進(jìn)行探測。與X射線衍射和核磁共振等技術(shù)相比,共振拉曼光譜在識別具有幾何對稱性質(zhì)的卟啉環(huán)結(jié)構(gòu)方面具有獨(dú)特的優(yōu)勢。然而,由于電子結(jié)構(gòu)、取代基以及各種形變之間相互作用的復(fù)雜性,加之低頻拉曼光譜探測難度較大,目前對于特定OOP形變變化與拉曼特征峰頻移之間的具體關(guān)系尚不清晰。

  在本研究中,研究團(tuán)隊(duì)首先以鎳卟啉(Ni-P)為模型分子,運(yùn)用DFT計(jì)算來探究ruffling和sadding這兩種與生物學(xué)功能密切相關(guān)的形變變化與拉曼光譜頻移之間的關(guān)聯(lián)。進(jìn)一步,他們選取了四苯基鎳卟啉(NiTPP)、四對氯代苯基鎳卟啉(NiTClP)以及四對甲氧苯基鎳卟啉(NiTMeOP),成功獲取了三種卟啉的超低波數(shù)(~10 cm-1)拉曼光譜以及DFT計(jì)算光譜,并借助簡正坐標(biāo)分解法對其晶體結(jié)構(gòu)及DFT計(jì)算結(jié)構(gòu)進(jìn)行了深入分析。研究結(jié)果表明,三種鎳卟啉的ruffling形變大小基本一致,而saddling形變則存在細(xì)微差異。特征峰γ18的頻率變化與三種卟啉的saddling形變之間的關(guān)系為7.7 cm-1/?,這一數(shù)值與模型卟啉Ni-P的10.6 cm-1/?相當(dāng)接近。因此,特征峰γ18可作為saddling形變變化的探測報(bào)告或指標(biāo)信號。本項(xiàng)工作不僅展示了利用低頻拉曼特征峰頻移來識別由外部環(huán)境變化所引起的卟啉大環(huán)OOP形變變化的方法,也為深入理解其生物學(xué)功能變化的原因提供了一種有力的輔助工具。

  文章鏈接:https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S1386142525000563 

 

利用低頻拉曼特征峰識別卟啉非平面形變

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